Poco progreso hizo bajo su primer maestro, John Reading, pero bajo la guía de Maurice Greene, compositor y organista en la Catedral de St Paul, realizó grandes avances y pronto fue nombrado organista en la cercana iglesia de All Hallows Bread Street cuando tenía doce años. En 1726 obtuvo un cargo similar en St Andrew, Holborn y en 1734 en la Honorable Sociedad del Inner Temple, habiendo renunciado a All Hallows en 1727. Sus interpretaciones atraían a músicos de todo Londres, incluyendo a Haendel. También era excelente violinista y dirigió durante varios años los conciertos de suscripción en Swan y en Castle. En 1729 se convirtió en el más joven ganador de un grado musical en la Universidad de Oxford.

Catedral de St Paul, Londres

En 1738 se casó con Sarah Arlond, hija del Capitán Edward Arlond de la Compañía India Oriental. El mismo año la pareja se estableció en Walbrook y Ann, hermana de Sarah que vivía con ellos, se convirtió en la copista del compositor ciego. Poco después del matrimonio, Stanley estableció amistad con el futuro historiador musical John Hawkins, quien le proporcionó textos para cantatas y fue su vecino después que Stanley se trasladó en 1751 a Hatton Garden.

Gracias a una prodigiosa memoria, Stanley fue capaz de vivir cómodamente como organista y profesor, dirigir oratorios de Haendel durante la década de 1750 y, tras la muerte de este último, tomar a su cargo las temporadas de oratorio en el Covent Garden (y más tarde en Drury Lane), primero con el joven J. C. Smith y desde 1776 con Thomas Linley. Sus propios oratorios, modelados al estilo de Haendel, fueron incluidos en dichas temporadas. En 1770 siguió los pasos de Haendel integrando y apoyando al Foundling Hospital y dirigiendo las presentaciones anuales del Mesías entre 1775 y 1777.

En 1779 sucedió a Boyce como Master of the King’s Band of Musicians y como tal compuso una gran cantidad de odas para cumpleaños y Año Nuevo cuya música no sobrevivió. Actualmente se le recuerda por sus ciclos de voluntaries para órgano, conciertos y cantatas, obras que revelan el rol jugado por la música de Stanley en la transición del barroco de Haendel al estilo galante asociado en Inglaterra con Johann Christian Bach. Los conciertos Op 2 están entre los conciertos para cuerdas más finos de Inglaterra en la tradición Corelli-Haendel y fueron tan populares que se reeditaron en arreglos para órgano o como solos para violín, flauta o clavecín.